某天，柯南因感冒在家休息，期間接到了灰原哀的電話。原來(lái)灰原做出了APTX-4869的最新解藥，雖然只是試制品，但一心恢復(fù)工藤新一身份的柯南仍然迫不及待趕往阿笠博士的實(shí)驗(yàn)室。服藥后，新一終于回到原有狀態(tài)，不過(guò)周遭的一切卻似乎有所改變：博士院子里的樹長(zhǎng)高了，出現(xiàn)許多新的建筑物，體育老師變得蒼老，班里的同學(xué)全是陌生面孔，甚至元太、光彥和步美也都變成高中生的模樣。他找到同樣變成高中生的灰原，得知自己在過(guò)去的10年里不斷服用解毒藥導(dǎo)致產(chǎn)生抗藥性，最近5年已無(wú)法變會(huì)原有狀態(tài)。失落的柯南無(wú)奈看著周遭的轉(zhuǎn)變，更讓他倍受打擊的是，小蘭決定放棄杳無(wú)音訊的新一而嫁給新出老師。他們的戀情亦夢(mèng)以幻，何以為終……